A coleta dos ovos deve ser feita cuidadosamente e com freqüência para evitar contaminação e danos físicos Deve ser realizada logo após a fêmea deixar o ninho e a película de mucina que envolve o ovo estar seca.

Deve-se usar um recipiente cheio de cepilhos (serragem grossa ou maravilha) ou revestido de espuma, tendo-se o cuidado para não agitar os ovos. Devido ao formato arredondado do ovo do avestruz, a posição da câmara de ar não pode ser determinada na ocasião da coleta, portanto poderão ser transportados na posição horizontal.

Para verificar defeitos nos ovos, usa-se o ovoscópio, aparelho projetado para observação da casca e do interior do ovo Há vários modelos de ovoscópios, caseiros ou industriais, inclusive um sofisticado sistema acoplado a uma câmera de vídeo:

Defeitos que podem ser observados:

- Trincas ou pequenas rachaduras que geralmente só são visíveis quando passados pelo ovoscópio. Ovos de preços elevados com pequenos defeitos podem ser reparados com esmalte de unhas ou cera de vela. Não é vantajoso reparar ovos com vazamento de material, pois eles dificilmente eclodirão;
- Ovos velhos, com câmara de ar maior do que o normal e a gema densa;
- Ovos com manchas de sangue e coloração rosa-pálido na clara;
- Gemas múltiplas ou duplas, que embora possam ser férteis, raramente chocam;
- Massa escura, que é característica de ovo contaminado e que deve ser cuidadosamente manipulado, pois corre o risco de estourar e contaminar o ambiente.